Iki 2022 m. spalio 28 d. nepriklausomų valdybos narių atlygį sudarė fiksuota mėnesinė dalis – 156 eurai (neatskaičius mokesčių) ir atlygis už kiekvieną valdybos posėdį, kuriame valdybos narys dalyvavo: 315 eurų (neatskaičius mokesčių) nepriklausomam valdybos nariui, jeigu jis yra valdybos pirmininkas arba 235 eurai (neatskaičius mokesčių) nepriklausomam valdybos nariui, jeigu jis nėra valdybos pirmininkas. Valdybos nariui, kuris yra Lietuvos Respublikos finansų ministerijos atstovas, atlygis nebuvo mokamas.

Nuo 2022 m. spalio 28 d. nepriklausomiems valdybos nariams yra mokamas mėnesinis atlygis, kurį sudaro 1/4 bendrovės vadovo (direktoriaus) 2021 metų vidutinio mėnesinio darbo užmokesčio, Lietuvos Respublikos finansų ministerijos atstovams mokamas  mėnesinis atlygis, kurį sudaro 1/8 bendrovės vadovo (direktoriaus) 2021 metų vidutinio mėnesinio darbo užmokesčio, o valdybos pirmininkui - mėnesinis atlygis, kurį sudaro 1/3 bendrovės vadovo (direktoriaus) 2021 metų vidutinio mėnesinio darbo užmokesčio.

Bendrovėje darbo apmokėjimo tvarką reglamentuoja UAB “Būsto paskolų draudimas” darbuotojų darbo apmokėjimo ir skatinimo tvarka.

Bendrovės vadovo (direktoriaus) darbo užmokestis nustatomas vadovaujantis Lietuvos Respublikos Vyriausybės 2002 m. rugpjūčio 23 d. nutarime Nr. 1341 „Dėl valstybės valdomų įmonių vadovų darbo užmokesčio“ nustatyta tvarka. Pagal šio nutarimo nuostatas bendrovė laikoma priskirta IV kategorijai (taikomas koeficiento dydis 9,3–12,7). Bendrovės direktoriaus mėnesinės algos pastovioji dalis nustatoma koeficientais, taikant atitinkamų metų Lietuvos Respublikos Seimo nustatytą Lietuvos Respublikos valstybės politikų, teisėjų, valstybės pareigūnų ir valstybės tarnautojų pareiginės algos (atlyginimo) bazinį dydį, o kintamoji dalis – procentine dalimi nuo mėnesinės algos pastoviosios dalies dydžio.